Du könntest mbenotes benutzen, darin die Funktion tabnotes. Das ergibt Fußnoten pro Tabelle und eine Zählung innerhalb der Tabelle. Wenn eine globale Zählung mit Bezug auf die Fußoten gewünscht wird, müsste man es entsprechend anpassen.
%testdokument.tex
\documentclass[a4paper,12pt]{article}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{rotating,mbenotes}
\begin{document}
\footnote{Eine Fussnote ausserhalb der Tabelle}
\begin{sidewaystable}
\begin{tabular}{cc}
\hline
a & b\tabnote{Eine Fussnote innerhalb sideways}\\
c & d \tabnote{Eine Fussnote innerhalb sideways} \\
\hline
\end{tabular}
\thetabnotes[Tabnotes]
\end{sidewaystable}
\footnote{Eine weitere Fussnote ausserhalb der Tabelle}
\end{document}