Ein Beispiel, mit dem sich die Warnung erzeugen lässt, wäre folgendes
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\section{$a+b=c$}
\end{document}
Im log steht zweimal:
Package hyperref Warning: Token not allowed in a PDF string (PDFDocEncoding):
(hyperref) removing `math shift' on input line 4.
Die Warnung bedeutet, dass das in dem PDF-Lesezeichen, das `hyperref` für die `\section` anlegt, das Math-Shift-Token `$` nicht erlaubt ist und daher entfernt wird. Erklärt ist das in [`hyperref`s Dokumentation](http://texdoc.net/pkg/hyperref) (Abschnitt 4.1.2 _Replacement macros_)
> `hyperref` takes the text for bookmarks
> from the arguments of commands like
> \section, which can contain things
> like math, colors, or font changes,
> none of which will display in
> bookmarks as is.
Was das bedeutet, wird an einem anderen Beispiel (Dank an Herbert!) noch deutlicher:
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\section{$\int_a^b x^2 dx$}
\end{document}
Das Lesezeichen liest sich jetzt „ab x2 dx“, ist also nicht mehr wirklich sinnvoll zu interpretieren.
Umgehen kann man die Warnung, Warnung (und das u.U. „kaputte“ Lesezeichen), indem man mit `\texorpdfstring{<tex>}{<PDF>}` eine extra Eingabe für TeX und für das PDF-Lesezeichen angibt:
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\section{\texorpdfstring{$a+b=c$}{a+b=c}}
\end{document}
Für Makros gibt es auch eine etwas automatischere Möglichkeit. Z.B. führt `\textsuperscript` zu den folgenden vielleicht etwas unerwarteten Warnungen:
Package hyperref Warning: Token not allowed in a PDF string (PDFDocEncoding):
(hyperref) removing `\mathsurround' on input line 4.
Package hyperref Warning: Token not allowed in a PDF string (PDFDocEncoding):
(hyperref) removing `\z@' on input line 4.
Package hyperref Warning: Token not allowed in a PDF string (PDFDocEncoding):
(hyperref) removing `superscript' on input line 4.
Man kann aber `hyperref` sagen, dass es für die PDF-Lesezeichen eine andere Definition für `\textsuperscript` nehmen soll:
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\pdfstringdefDisableCommands{%
\def\textsuperscript#1{\textasciicircum(#1)}%
}
\begin{document}
\section{x\textsuperscript{2}}
\end{document}