Das ist bzw. war ein bekanntes Problem. Offenbar wurde es aber am [26. Dezember 2012](https://bitbucket.org/rivanvx/beamer/issue/227/) behoben und mit einem aktuellen `beamer` (zum Zeitpunkt der Antwort 2013/04/04 3.27) tritt das beschriebene Problem nicht auf, ein Update sollte es also beheben.
Ansonsten sollte ein abschließendes `\par` oder eine leere Zeile (= ein verstecktes `\par`) vor `\end{frame}` das Problem ebenfalls lösen. Warum? Nun, im Zusammenhang mit `\centering`, `\raggedright` und `\raggedleft` gibt es zwei häufige Ursachen für andere Ausrichtung als vom Anwender erwartet:
1. Wenn in einem Absatz mehrere Anweisungen wie `\centering` oder `\raggedright` auftreten, gilt diejenige, die _als letztes vor dem Absatzende_ angegeben wurde. wurde.
\documentclass{article}
\begin{document}
\centering foo \raggedright bar \raggedleft baz\par
\end{document}
Der gesamte Absatz wurde hier in linkem Flattersatz gesetzt.
3. Hier ist es aber wohl ein anderes Problem, das folgendes VM [VM][1] demonstriert:
\documentclass{article}
\begin{document}
\begingroup\centering
foo
foo
\endgroup\par
\end{document}
Das zweite „foo“ ist nicht zentriert, da das `\centering` in einer Gruppe aufgerufen wird, diese Gruppe aber beendet wird, bevor der zweite Absatz zuende ist. Wenn der zweite Absatz gesetzt wird, ist das `\centering` daher vergessen. Wie alle Umgebungen bildet die `{frame}`-Umgebung eine implizite Gruppe und offenbar hatte `\end{frame}` kein `\par` aufgerufen, bevor die Gruppe beendet war. Durch das absichtliche Angeben von `\par` stellst Du also sicher, dass der Absatz beendet wird, solange `\centering` noch nicht vergessen ist.
Du kannst versuchen, das zu automatisieren, indem Du folgendes in die Präambel einfügst (ungetestet):
\usepackage{etoolbox}
\preto\endframe{\par}
[1]: http://texwelt.de/wissen/fragen/569/
