Wenn ich Dich richtig verstehe, möchtest Du, Deinen Code soweit korrigiere, dass er fehlerfrei läuft, und `\tableofcontents` hinzufüge, dann verschwinden da keinerlei `\subsection`s...?!
Ich habe eher den Verdacht, dass Du möchtest, dass zwar die Kopfzeile einen kürzeren Titel bekommt, nicht aber das Inhaltsverzeichnis? Dann hast Du Dir bereits die richtige Klasse ausgesucht, denn KOMA-Script bietet die Option `headings`. Für eine Überschrift `\section[<kurz>]{<lang>}` (auch mit `\chapter`, `\subsection`, ...) bedeutet das:
- `headings=optiontohead` : `<kurz>` wird im Kopf verwendet, `<lang>` wird im Inhaltsverzeichnis und im Text verwendet.
- `headings=optiontotoc` : `<kurz>` wird im Inhaltsverzeichnis verwendet, `<lang>` wird im Kopf und im Text verwendet.
- `headings=optiontoheadandtoc` : das voreingestellte Verhalten.
Verwenden der Option, egal mit welcher Einstellung, aktiviert eine noch feinere Kontrolle:
- `\section[tocentry=<toc>]{<heading>}` : `<toc>` wird im Inhaltsverzeichnis verwendet, `<heading>` im Kopf und im Text.
- `\section[head=<header>]{<heading>}` : `<header>` wird im Kopf verwendet, `<heading>` wird im Inhaltsverzeichnis und im text verwendet.
- `\section[head=<header>,tocentry=<toc>]{<heading>}` : `<header>` wird im Kopf verwendet, `<toc>` im Inhaltsverzeichnis und `<heading>` im Text.
Ein Beispiel (das mehr oder weniger auf Deinem Code aufbaut):
\documentclass{scrartcl}
\KOMAoptions{headings=optiontohead}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\begin{document}
\tableofcontents
\section[foo]{bar}
\clearpage
\subsection[Versuchsreihe 1]{langer Text}
\end{document}
![alt text][1]
![alt text][2]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/koma1.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/koma2.png
