Sinnvoll ist es, mit `table-format` anzugeben, welches Zahlenformat in der Spalte zu erwarten ist. In Deinem Fall `table-format=-1.2`, also mit Vorzeichen, eine Stelle vor und zwei nach dem Dezimalzeichen. Damit sind dann die ungewünschten Lücken zwar weg, dafür bekommst Du aber für jede Zelle eine
Overfull \hbox (10.95001pt too wide) detected
Warnung. Außerdem stehen dann die Sterne über die Spalte hinaus. Dem kann man aber abhelfen, indem man mit `table-space-text-post = {**}` den entsprechenden Platz reserviert.
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{booktabs}
\begin{document}
\begin{tabular}{S[table-format=-1.2,table-space-text-post={**}]}
\toprule
-0.88** \\
2.27** \\
-0.21** \\
\bottomrule
\end{tabular}
\end{document}
![alt text][1]
Möglicher Nachteil: wenn jetzt eine Zahl weniger Dezimalstellen hat, dann sind die Sterne untereinander ausgerichtet und nicht linksbündig:
\begin{tabular}{S[table-format=-1.2,table-space-text-post={**}]}
\toprule
-0.88** \\
2.27** \\
-0.2** \\
\bottomrule
\end{tabular}
![alt text][2]
<strike>Ob es hierfür auch eine Lösung gibt, weiß ich nicht, ich versuche, das noch herauszufinden.</strike>
Das lässt sich mit der Option `table-align-text-post=false` abstellen. Dann
\begin{tabular}{
S[
table-format=-1.4,
table-format=-1.2,
table-space-text-post={**},
table-align-text-post=false
]}
\toprule
-0.88** \\
2.27** \\
-0.2** \\
\bottomrule
\end{tabular}
![alt text][3]
Damit scheint allerdings zuviel Platz auf der rechten Seite eingefügt zu werden. Es sieht zwar nun OK aus, wenn man `table-space-text-post={**}` weglässt, man bekommt dann aber wier die `overfull-\hbox`-Meldungen. Das scheint mir ein nicht beabsichtigtes Verhalten zu sein. Ein Workaround:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{booktabs}
\newcommand*\sym[1]{\rlap{#1}}
\begin{document}
\begin{tabular}{
S[
table-format=-1.4,
table-align-text-post=false
]}
\toprule
-0.88\sym{**} \\
2.27\sym{**} \\
-0.2\sym{**} \\
\bottomrule
\end{tabular}
\end{document}
![alt text][4]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/siunitx1_1.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/siunitx2_1.png
[3]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/siunitx3.png
[4]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/siunitx4.png
http://texwelt.de/wissen/upfiles/siunitx5.png