Habe meinen Fehler gefunden.
Ich habe den Style der lstlistinput `\lstinputlisting` angepasst und in der 
lstdefinestyle `\lstdefinestyle` hatte ich 
<pre><code>
    \lstdefinestyle{mystyle}{
       ...
       mathescape=true,
       ...
 </code></pre>
Ich bin mir momentan gar nicht sicher, warum ich das da drin habe und ob ich es brauche. Jedenfalls verursacht das den Fehler. Habe es auf false `false` gesetzt, bzw. auskommentiert.