Nachdem ich Dein Beispiel so verändert habe, dass es ein vollständiges Minimalbeispiel wurde (`xspace` wegnehmen da mit dem Problem nichts zu tun, Paket `url` dazu für den `\url`-Befehl, `\footnote` statt ´\footcite`), `\footcite`), konnte ich das Problem nachvollziehen: so wie es aussieht wird der Inhalt des `description`-Feldes (= die lange Form in `\newacronym`) zu einem Zeitpunkt expandiert, wenn es für `\footnote` und `\url` noch nicht sicher ist. Die übliche Lösung dafür ist, ein `\protect` vor die fraglichen Befehle zu setzen.
% arara: pdflatex
% arara: makeglossaries
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\documentclass{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[acronym,nohypertypes={acronym}]{glossaries}
\makeglossaries
\usepackage{url}
\newacronym{FB}{FB}{Foo Bar\protect\footnote{\protect\url{http://www.foobar.org/}}}
\begin{document}
Hierbei handelt es sich um \gls{FB}. Aber auch der andere \gls{FB} ist
wichtig.
\printglossaries
\end{document}
Übrigens: `\footcite{\url{http://www.foobar.org/}}` wird (wenn es das `\footcite` von `biblatex` ist) so oder so schiefgehen, da `\footcite` als Argument einen Bibkey erwartet, ganz entsprechend zu `\cite`.
