Ich habe mein Problem nun mithilfe der von TeX generierten Hilfedatei (.lof) (`.lof`) lösen können, da mir aufgefallen ist dass er dort immer nur die Abbildugen Abbildungen 1 - 4 als Hyperlink vergibt und dies auch die Abb. sind die im Dokument funktionieren. Also:
Die Nummerierungen meiner Abbildungen waren kapitelbezogen, heißt bei jedem Kapitel haben die Nummerierungen wieder bei 1 angefangen (Abb. 1.1, Abb. 1.2, Abb. 2.1, Abb. 2.2, usw.).
Heißt das hyperref - Paket `hyperref`-Paket hat die Information bekommen zu "Figure 1" zu verlinken. Diese Figure war aber bei 6 Kapiteln 6 mal vergeben. Da Hyperref `hyperref` die Mehrfachbelegung dann irgnoriert ignoriert wurde immer wieder zur 1. Abbildung des 1. Kapitels gesprungen.
Ich habe nun mittels
\usepackage{chngcntr}
\counterwithout{figure}{section} %Ich habe keine Chapter definiert, sondern nur Sections
die Nummerierung auf durchgängig geändert und siehe da: es funktioniert!funktioniert!