Wie der Erklärung zu Option `label` in Abschnitt 3.1 der [Anleitung zu Paket `enumitem`](http://mirrors.ctan.org/macros/latex/contrib/enumitem/enumitem.pdf) zu entnehmen ist, kann man durchaus einen Textpräfix mit einer automatische Nummerierung kombinieren. Dazu verwendet man einen Nummerierungsbefehl wie `\arabic` und den Stern `*` als Platzhalter für die Nummer. Was bei einem längeren Präfix ggf. noch fehlt, ist dann die Behandlung für die Breite des Labels. Dabei sind die Längenoption wie `labelwidth` und `leftmargin` behilflich. Besonders nützlich ist `leftmargin=*`, das die Breite für das Label automatisch berechnet. Somit ergibt sich aus deinem Beispiel:
\documentclass[ngerman]{scrartcl}% Einmal global ngerman genügt.
\usepackage{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[
a4paper
,inner = 2.5cm
,outer = 2.5cm
,top = 1.5cm
,bottom = 2cm
,includeheadfoot
]{geometry}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{blindtext}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{todonotes}
\usepackage{enumitem}
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\usepackage{cleveref}
\renewcommand{\familydefault}{phv}
% Eigene Kommandos
\newcommand{\zB}{z.\,B. }
\newcommand{\mE}{m.\,E. }
\newcommand{\zitat}[1]{\glqq #1\grqq}
\begin{document}
\blindtext
\begin{enumerate}
\item Information zumr ersten Fenster
\item Eine sehr lange Beschreibung zu Fenster Nr. Zwei. Gern auch einfach sehr viiiiel Text, damit man auch den Zeilenumbruch mitbekommt.
\item Aufzählungspunkt Drei
\end{enumerate}
\begin{enumerate}[label=Fenster \arabic*:,labelindent=1em,leftmargin=*]
\item Information zum ersten Fenster
\item Eine sehr lange Beschreibung zu Fenster Nr. Zwei. Gern auch einfach sehr viiiiel Text, damit man auch den Zeilenumbruch mitbekommt.
\item Aufzählungspunkt Drei
\end{enumerate}
\end{document}
Da man bei einem Querverweis den Doppelpunkt normalerweise nicht haben will, ist außerdem die Verwendung von Option `ref` zu empfehlen, für die genau das gleiche Problem am Beispiel einer runden Klammer in der Anleitung gezeigt wird. Übertragen auf dieses Beispiel wäre das:
\documentclass[ngerman]{scrartcl}% Einmal global ngerman genügt.
\usepackage{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[
a4paper
,inner = 2.5cm
,outer = 2.5cm
,top = 1.5cm
,bottom = 2cm
,includeheadfoot
]{geometry}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{blindtext}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{todonotes}
\usepackage{enumitem}
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{cleveref}
\renewcommand{\familydefault}{phv}
% Eigene Kommandos
\newcommand{\zB}{z.\,B. }
\newcommand{\mE}{m.\,E. }
\newcommand{\zitat}[1]{\glqq #1\grqq}
\begin{document}
\blindtext
Siehe auch \ref{win:three}.
\begin{enumerate}
\item Information zumr ersten Fenster
\item Eine sehr lange Beschreibung zu Fenster Nr. Zwei. Gern auch einfach sehr viiiiel Text, damit man auch den Zeilenumbruch mitbekommt.
\item Aufzählungspunkt Drei
\end{enumerate}
\begin{enumerate}[label=Fenster \arabic*:,ref=Fenster \arabic*,labelindent=1em,leftmargin=*]
\item Information zum ersten Fenster
\item Eine sehr lange Beschreibung zu Fenster Nr. Zwei. Gern auch einfach sehr viiiiel Text, damit man auch den Zeilenumbruch mitbekommt.
\item Aufzählungspunkt Drei\label{win:three}
\end{enumerate}
\end{document}
Übrigens habe ich die Paketreihenfolge ein wenig geändert. Außer `cleveref` muss keines der Pakete nach `hyperref` geladen werden. Es ist dann meist sinnvoll, Pakete vor `hyperref` zu laden. Außerdem ist `\usepackage[utf8]{inputenc}` schon seit mehr als vier Jahren überflüssig. UTF8 ist seither die Voreinstellung von LaTeX. Option `hidelinks` habe ich beim zweiten Beispiel entfernt, damit man auch sieht, was alles zum Link gehört. Die Option sollte man ohnehin sparsam einsetzen. Es sei auch darauf hingewiesen, dass die farbigen Kästen um Links oder alternativ die farbigen Unterstriche der Links ohnehin nicht mitgedruckt werden.
Und da Pakete die Optionen von `\documentclass` ebenfalls zu sehen bekommen, kann man die Sprache einfach dort angeben. Dann sollten alle Pakete, die diese Sprachoption kennen, auch darauf reagieren.