Manche Sonderzeichen, aber auch Hoch- und Tiefstellungen können nicht als pdf-Bookmarks gesetzt werden. Abhilfe schafft hier
`\texorpdfstring{<TeX-String>}{<pdf-String>}`.
Der `TeX-String` wird im Dokument gesetzt, der `pdf-String` kommt zum Beispiel in die pdf-bookmarks.
Als Beispiel sei hier `\textorpdfstring{CO\textsubscript{2}}{CO\string(2)}` gegeben (die Arbeit mit einem Chemiepaket wie [chemmacros](http://www.ctan.org/pkg/chemmacros) ist aber zu empfehlen)
\documentclass[]{scrartcl}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\tableofcontents
\section{\texorpdfstring{CO\textsubscript{2}}{CO\string_(2)}}
\end{document}
Weitere Informationen sind auch unter [d.c.t.t.](http://de.comp.text.tex.narkive.com/3cPmE95e/benutzung-von-texorpdfstring) zu finden