Die Warnung bedeutet, dass das in dem PDF-Lesezeichen, das hyperref für die \section anlegt, das Math-Shift-Token $ nicht erlaubt ist und daher entfernt wird. Erklärt ist das in hyperrefs Dokumentation (Abschnitt 4.1.2 Replacement macros)
hyperref takes the text for bookmarks
from the arguments of commands like
section, which can contain things
like math, colors, or font changes,
none of which will display in
bookmarks as is.
Was das bedeutet, wird an einem anderen Beispiel (Dank an Herbert!) noch deutlicher:
Das Lesezeichen liest sich jetzt „ab x2 dx“, ist also nicht mehr wirklich sinnvoll zu interpretieren.
Umgehen kann man die Warnung (und das u.U. „kaputte“ Lesezeichen), indem man mit \texorpdfstring{<tex>}{<PDF>} eine extra Eingabe für TeX und für das PDF-Lesezeichen angibt:
Code, hier editierbar zum Übersetzen:
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\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\section{\texorpdfstring{$a+b=c$}{a+b=c}}
\section{\texorpdfstring{$\int_a^b x^2 dx$}{int\_a\textasciicircum b x\textasciicircum2 dx}}
Manche Sonderzeichen, aber auch Hoch- und Tiefstellungen können nicht als pdf-Bookmarks gesetzt werden. Abhilfe schafft hier
\texorpdfstring{<TeX-String>}{<pdf-String>}.
Der TeX-String wird im Dokument gesetzt, der pdf-String kommt zum Beispiel in die pdf-bookmarks.
Als Beispiel sei hier \textorpdfstring{CO\textsubscript{2}}{CO\string(2)} gegeben (die Arbeit mit einem Chemiepaket wie chemmacros ist aber zu empfehlen)