Mit pdfLaTeX und XeLaTeX löst es, sowohl mit KOMA-Script als auch mit Basis-Klassen wie `article`:
\pdfpagewidth=\paperwidth
\pdfpageheight=\paperheight
Damit werden die PDF-Parameter angeglichen. Das gleiche schafft man mit
\usepackage[pass]{geometry}
womit die Papiergröße durch `geometry` an pdfLaTeX bzw. XeLaTeX weitergegeben wird, ohne die Layout-Parameter (von typearea) zu ändern.
Der beste Weg für KOMA-Script ist, die Option `pagesize` zu setzen. Damit werden zusätzlich zu den LaTeX-internen Parametern auch die Werte für den Ausgabetreiber gesetzt. Üblicherweise reicht die Option ohne Wertangabe, man kann jedoch auch `pagesize=pdftex`, `pagesize=dvips`, oder `pagesize=dvipdfmx` angeben, je nach Ausgabetreiber. Siehe *Einstellung des Papierformats* im KOMA-Script Handbuch.