Chapter innen, Section außen in scrlayer-scrpage

Bei einseitigen Dokumenten wird für scrlayer-scrpage automatisch die Option autooneside=true gesetzt. Die Option sorgt dafür, dass das optionale Argument von \automark ignoriert wird. Dieses Verhalten kannst Du durch Setzen der Option autooneside=false abschalten.

Bitte beachte, dass scrlayer-scrpage automatisch den Seitenstil scrheadings aktiviert. Außerdem ist \clearpairofpagestyles der Anweisung zum Löschen aller voreingestellten Kopf- und Fußzeileninhalte für die beiden Seitenstile scrheadings und plain.scrheadings¹. Die in Deinem MWE zu diesem Zweck verwendete Anweisung stammt dagegen vom veralteten Paket scrpage2 und funktioniert nur (noch) aus Kompatiblitätsgründen.

Beispiel:

\documentclass{scrreprt}
%\providecommand*\Ifstr{\ifstr}% nötig bis einschließlich KOMA-Script version 3.27, see https://komascript.de/faq_deprecatedif
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[main=ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}% nur für Fülltext

\usepackage[headsepline,
  automark,
  autooneside=false
]{scrlayer-scrpage}% aktiviert automatisch Seitenstil scrheadings
\clearpairofpagestyles% voreingestellte Kopf- und Fußzeileninhalte löschen
\ihead{\leftmark}
\ohead{\Ifstr{\leftmark}{\rightmark}{}{\rightmark}}% verhindert zwei gleiche Einträge in der Kopfzeile
\cfoot*{\pagemark}
%\renewcommand*\chapterpagestyle{scrheadings}% unüblich und unschön
\begin{document}
\tableofcontents
\blinddocument
\chapter{Kapitel}
\Blindtext
\end{document}

Ich würde empfehlen, auf den Kapitelanfangsseiten beim plain-Seitenstil zu bleiben. Die Umdefinition von \chapterpagestyle sollte man nur vornehmen, wenn es unbedingt gefordert ist.

Außerdem musst Du darauf achten, dass Deine Kapitel- und Abschnittsüberschriften nicht zu lang werden. Sie können sich sonst in der Kopfzeile überlappen. Gegebenenfalls musst Du dann das optionale Argument der Gliederungsbefehle nutzen, um kürzere Einträge für die Kopfzeile festzulegen. In der Voreinstellung wird diese Kurzform der Überschrift dann auch für den Eintrag im Inhaltsverzeichnis verwendet.

\rigtmark verwendet übrigens immer die erste auf einer Seite gesetzte rechte Marke. Auf Kapitelanfangsseiten wird diese im Beispiel oben von \chapter gesetzt und enthält auf diesen Seiten bei einseitigen Dokumenten immer die Kapitelüberschrift. Wenn Du die letzte auf einer Seite gesetzte rechte Marke ausgeben möchtest, dann ersetze \rightmark durch \rightbotmark.

¹ Mit dem Paket scrlayer-scrpage wird plain zu einem Alias für den plain-Seitenstil des aktuellen Seitenstilpaares. Genauso wird headings zum Alias für den Hauptseitenstil des aktuellen Seitenstilpaares.