Wie kann ich Kopfzeilenfelder vertikal ausrichten?

Wie Dir vielleicht aufgefallen ist, werden die einzelnen Bereiche des Kopfes von scrpage2 vertikal zueinander zentriert. Sollen tatsächlich mehrzeilige Felder anders zueinander ausgerichtet werden, so ist die einfachste Lösung, dass man ihnen dieselbe Zeilenzahl gibt, indem man entweder am Fang oder Ende Leerzeilen einfügt (siehe die Kommentare von @Qrrbrbirlbel und @Herbert):

\documentclass[headsepline,headlines=2.25,ngerman]{scrreprt}
\usepackage{selinput} 
\SelectInputMappings{adieresis={ä},germandbls={ß},Euro={€}} 
\usepackage{babel}
\usepackage{blindtext}

\usepackage[automark]{scrpage2}
\clearscrheadfoot
\ihead{Zeile 1\\Zeile 2}
\ohead{\headmark\\}
\ofoot{\pagemark}
\pagestyle{scrheadings}

\begin{document}
\tableofcontents
\blinddocument
\end{document}

oder

\documentclass[headsepline,headlines=2.25,ngerman]{scrreprt}
\usepackage{selinput} 
\SelectInputMappings{adieresis={ä},germandbls={ß},Euro={€}} 
\usepackage{babel}
\usepackage{blindtext}

\usepackage[automark]{scrpage2}
\clearscrheadfoot
\ihead{Zeile 1\\Zeile 2}
\ohead{\mbox{}\\\headmark}
\ofoot{\pagemark}
\pagestyle{scrheadings}

\begin{document}
\tableofcontents
\blinddocument
\end{document}

Ist ein Bild oder ein ähnliches Objekt beteiligt, das selbst mehr als eine normale Zeile hoch ist, ist allerdings ggf. zu beachten, dass LaTeX die Grundlinie bei einem Bild immer an der Unterkante des Bildes sieht. Um nun eine gemeinsame Ausrichtung unten zu erreichen, kann man auch einfach so tun, als wäre das Objekt nur so hoch und tief wie eine normalen Zeile. Dazu kann man beispielsweise die optionalen Argumente von \raisebox verwenden:

\documentclass[headsepline,headlines=2.25,ngerman]{scrreprt}
\usepackage{selinput} 
\SelectInputMappings{adieresis={ä},germandbls={ß},Euro={€}} 
\usepackage{babel}
\usepackage{blindtext}

\usepackage[automark]{scrpage2}
\clearscrheadfoot
\ihead{\raisebox{0pt}[\ht\strutbox][\dp\strutbox]{\rule{1cm}{0.7cm} Text}}
\ohead{\headmark}
\ofoot{\pagemark}
\pagestyle{scrheadings}

\begin{document}
\tableofcontents
\blinddocument
\end{document}

Im Beispiel erhält man übrigens mit dem kürzeren

\ihead{\raisebox{0pt}[0pt]{\rule{1cm}{0.7cm} Text}}

dasselbe Ergebnis. Die Syntax von \raisebox ist übrigens:

\raisebox{vertikale Verschiebung nach oben}[Höhe der Box][Tiefe der Box]{Inhalt der Box}

Dabei handelt sich wie bei \mbox um eine horizontale Box.

Weitere Möglichkeiten, die Ausrichtung eines Bildes zu beeinflussen, bietet übrigens das Paket adjustbox.