Vom Browser Text kopieren und in Latex einfügen macht Probleme - Warum?

Die Frage mit der Zeilennummerierung werde ich zunächst ignorieren, da zumindest im Minimalbeispiel gar keine Zeilennummerierung erzeugt wird und daher nicht ganz klar ist, worum es überhaupt geht. (esdds Vermutung, dass es um die Zeilennummern des Editors gehen könnte ist durchaus plausibel).

\documentclass[a4paper,16pt]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\pagestyle{empty}
\setlength{\parindent}{0cm}
\begin{document}
\thispagestyle{empty}

"Ich benutze die Analogie von Star Wars", sagte er. "Das Virus ist die dunkle Seite. Wir haben ein zelluläres Abwehrsystem aus Hunderten von antiviralen Proteinen" - Jedi-Ritter - "um uns zu verteidigen. Unser Labor untersucht einen bestimmten Jedi, der eine bestimmte Waffe benutzt, und wie das Virus zurückschlägt.
Carolyn Machamer, eine Zellbiologin an der Johns Hopkins School of Medicine, untersucht die späteren Stadien dieses Prozesses, um zu erfahren, wie es dem Virus gelingt, sich in einer Wirtszelle zu bewegen, sich in ihr zu assemblieren und sie zu verlassen. Zu den Forschungsthemen, die auf ihrer Universitätswebseite aufgeführt sind, gehören Coronaviren, aber auch "intrazellulärer Proteinhandel" und "Exozytose großer Fracht".

\end{document}

produziert bei mir

Es zeigen sich tatsächlich ein paar Umlaute, die wir nicht erwartet haben.

Bei genauerer Betrachtung zeigt sich, dass die ungewollten Umlaute immer nur dort stehen, wo im Quellcode ein Anführungszeichen mit " gesetzt wurde. Das liegt daran, dass " bei der Verwendung von babel-(n)german zu einem (aktiven) Shorthand wird. " kann dann als Befehlskürzel verwendet werden, um bestimmte Zeichen/Befehle einzufügen. Die ganze Liste ist der ngerman-babel-Moduldokumentation ngermanb.pdf zu entnehmen (Tab. 1 auf Seite 2). So sorgt " vor einem Vokal dafür, dass dieser Vokal Umlautpunkte bekommt. Aus "U wird also "Ü" in der Ausgabe. Das sparte früher als Umlaute wie Ü noch nicht in von LaTeX und dem Editor unterstützen Codierungssätzen verfügbar waren etwas Zeit, da nicht zum Backslash gegriffen werden musste um \"U für das "Ü" zu schreiben, "U war mit babel genug. Heutzutage, wo (fast) alle Welt UTF-8 unterstützt und nutzt, kommt " für Umlaute wohl nur noch selten zum Einsatz, aber es gibt noch immer praktische "-Kombinationen wie "=.

Das Zeichen " allein wurde in LaTeX aber noch nie echt für Anführungszeichen verwendet. Typographisch schöne amerikanische/englische Anführungszeichen gibt es mit

``lorem ipsum `dolor' sit amet''

Im Deutschen nimmt man (mit babels (n)german)

 "`lorem ipsum dolor sit amet"'

oder etwas weniger handlich

 \glqq lorem ipsum \glq dolor\grq{} sit amet\grqq{}

(Es gibt auch Befehle für Guillemets. Wenn wirklich ein gerades doppeltes Anführunsgzeichen oben gewünscht ist, gibt es \dq. Mehr dazu in der bereits verlinkten Dokumentation des babel-Moduls.)

Ich würde mich aber gar nicht mit diesen Befehlen für Anführungszeichen aufhalten. Stattdessen empfehle ich das Paket csquotes mit dessen Befehl \enquote{...} typographisch korrekte Anführungszeichen in der Dokumentensprache erzeugt werden können. Der Befehl kann geschachtelt werden und wechselt dann von sich aus zwischen doppelten und einfachen Anführungszeichen.

\enquote{lorem ipsum \enquote{dolor} sit amet}

Das Paket bietet noch mehr Möglichkeiten und Befehle. Ein kurzes Blick in die Dokumentation kann also nicht schaden.

Dein Code könnte also wie folgt aussehen.

\documentclass[a4paper,16pt,parskip=half]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel}

\usepackage{csquotes}

\begin{document}

\enquote{Ich benutze die Analogie von Star Wars}, sagte er.
\enquote{Das Virus ist die dunkle Seite.
Wir haben ein zelluläres Abwehrsystem aus Hunderten von antiviralen Proteinen} -- Jedi-Ritter --
\enquote{um uns zu verteidigen.
Unser Labor untersucht einen bestimmten Jedi,
der eine bestimmte Waffe benutzt, und wie das Virus zurückschlägt.}

Carolyn Machamer, eine Zellbiologin an der Johns Hopkins School of Medicine,
untersucht die späteren Stadien dieses Prozesses, um zu erfahren,
wie es dem Virus gelingt, sich in einer Wirtszelle zu bewegen,
sich in ihr zu assemblieren und sie zu verlassen.
Zu den Forschungsthemen, die auf ihrer Universitätswebseite aufgeführt sind,
gehören Coronaviren, aber auch \enquote{intrazellulärer Proteinhandel}
und \enquote{Exozytose großer Fracht}.

\end{document}

Das \setlength{\parindent}{0cm} habe ich durch die Klassenoption parksip=half ersetzt. Warum es keine gute Idee ist, einfach so \parindent auf null zu setzen, ist sehr schön bei https://komascript.de/faq_parindent, https://texwelt.de/fragen/9/warum-sollte-man-parindent-nicht-benutzten und https://texwelt.de/fragen/23712/wie-stelle-ich-den-absatzeinzug-korrekt-ab erklärt.

Ich habe außerdem hier noch lmodern hinzugefügt, da ich das "ß" sonst etwas unschön finde. Aber das ist zu einem gewissen Grad sicher eine Geschmacksfrage.