Referenzieren auf newtheorem

Leider hast du kein Beispiel angegeben, so dass nicht ganz ganz klar ist, wo dein Problem liegt. Ich muss deshalb in dieser Antwort weit ausholen und mich sehr allgemein halten.

Wie bereits im Kommentar @saputello erwähnt, basieren Querverweise in LaTeX immer darauf, dass man mit \label einen Anker für den Verweis setzt. Wichtig ist, dass sich \label dabei immer auf die letzte Anweisung derselben Gruppe bezieht, die ein \refstepcounter ausführt. Solche Anweisungen sind beispielsweise \section (ohne Stern), \caption, \item innerhalb einer enumerate-Umgebung u. v. m.

Im Falle einer mit \newtheorem definierten Umgebung wäre es das \begin{*Umgebungsname*}. Hier an einem kleinen Beispiel gezeigt:

\documentclass{article}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newtheorem{Lemma}{Lemma}
\begin{document}
\section{Referenzierung}
In Abschnitt~\ref{sec:example} ist Lemma~\ref{lem:hier} zu finden.
\section{Beispiel für ein Lemma}\label{sec:example}
\begin{Lemma}\label{lem:hier}
  Hier haben wir ein Lemma.
\end{Lemma}\label{sec:nochexample}

\section{Ebenfalls Referenzierung}
Auch Label \texttt{sec:nochexample} führt zur Nummer des
Abschnitts~\ref{sec:nochexample} auf Seite~\pageref{sec:nochexample}.
\end{document}

Nach min. zwei LaTeX-Läufen führt das dann zu:

Wie zu sehen ist, bezieht sich auch das \label{sec:nochexample} auf \section und nicht auf \begin{lemma}…\end{lemma}. Das liegt daran, dass die Wirkung des \begin{lemma} mit dem \end{lemma} endet. Damit ist das letzte \refstepcounter, das in derselben Gruppe wie \label{sec:nochexample} ausgeführt wurde, das in \section{Referenzierung}.

Es gibt diverse Zusatzpakete für LaTeX, mit denen der Erzeugung von Querverweisen weitere Funktionalität oder zusätzlicher Komfort hinzugefügt werden kann. So erzeugt hyperref automatisch Links und stellt mit \autoref eine Anweisung bereit, die auch automatisch Präfixe wie »Abschnitt« oder »Abbildung« hinzufügen kann. Letzteres kann mit dem Paket cleveref verallgemeinert werden. Näheres zu den beiden Paketen, ist deren Anleitungen zu entnehmen.