Nur jede zweite Seite eine fortlaufende Nummerierung

Mit Verlaub: Das ist ganz großer Quatsch. Es widerspricht jeglicher typografischen Gepflogenheit doppelseitig zu drucken und auf rechten Seiten trotzdem nicht nur ungerade, sondern auch gerade Seitenzahlen zu haben. Im doppelseitigen Druck haben rechte Seiten immer ungerade Seitenzahlen. Das ist so grundlegend, dass es in TeX sogar fest verdrahtet ist. Man müsste also zwischen physischen und logischen Seitenzahlen unterscheiden, um das zu realisieren. Aber wie werden dann die Seiten der Abbildungen und Tabellen (z.B. in deren Verzeichnissen) referenziert? Die haben ja keine Seitenzahl.

Ich habe mir das ganze auch nicht ausgedacht... Das ist leider die Vorgabe vom Professor. Also sagen wir ich schreibe rechts gerade auf Seite 5, dann ist die Abbildung die links zu sehen ist (ohne Seitenzahl) im Verzeichnis mit Seite 5 zu hinterlegen.

Es wäre übrigens gerade bei einer derart exotischen Anforderung sinnvoll ein vollständiges Minimalbeispiel anzugeben, an dem konkret erklärt werden kann, was anders sein soll. Dann hätten Helfer schon einmal etwas, um direkt im Online-Editor zu testen und zu experimentieren. Anderenfalls müssen sie sich das erst selbst basteln. Dabei können und sollten dann eben auch direkt Anforderungen an das Abbildungs- und das Tabellenverzeichnis mit angegeben werden. Hier sollten Lösungen möglichst direkt in einem Rutsch angegeben werden können statt in einer Diskussion schrittweise entwickelt zu werden.

Genau so würde ich es auch machen. Jedoch hätte ich gerne weiterhin die Hyperlinks. Das andere wäre für mich nur eine Notlösung

Wieviel Arbeit wäre denn sowas? Die Seminararbeit geht zu 13% in meine Gesamtnote auf dem Abschlusszeugnis ein. Also schon eine hohe Gewichtung. Ich würde da gerne mit ordnetlichen Formatierung glänzen, da ich mir beim Inhalt auch sehr viel Mühe gegeben habe und der Professor sehr streng benotet...

Aber wie gibst Du denn ab? Wenn Du auf Papier abgibst, würde ich einfach endfloat mit einem einseitigen Dokument verwenden (Marker einfach mit nomarkers abschalten). Die Float-Seiten am Ende des Dokuments ohne Kopf und Seitenzahl setzen und für die Abgabe die Seiten mit den Gleitumgebungen auf die Rückseiten der passenden Seiten des im ersten Durchgang einseitig gedruckten Dokuments drucken. Dann hat man im Entwurfsstadium bzw. für die eigene PDF-Version die Links zu Gleitumgebungen am Ende des Dokuments. Der Ausdruck ist so wie der Prof. das will.

Die Abgabe erfolgt per Email als Pdf-Dokument. Es gibt zwei Prüfer. Der Prof druckt sich das aus und korrigiert es dann. Der andere prüft in der pdf. Deswegen wäre es schön, wenn Abbildungen und Tabllen verlinkt sind.

Da hat übrigens jemand ein vergleichbares Problem. Vielleicht könnt ihr euch ja zusammentun.

Ja das ist ein Studienkollege von mir :D. Der hat Problem einmal konkret zusammengefasst. Wir finden aber beide keine Lösung. Wir können das problem künstlich beheben mit den Befehlen : \thispagestyle{empty} , \newpage und \setcounter{page}{X}. Aber das ist ja eigentlich nicht Sinn der Sache. Dann muss man am Ende alles dreimal kontrollieren und das ganze Format irgdnwie anpassen. Das ist dann fast so, als ob man es bei Word schreibt... deswegen bin ich eigentlich von Word weg. Damit man die Formatierung nur einmal herstellen muss und bei Änderungen nicht das ganze Format kaputt ist...