include-Datei in Unterordner und Ausgabe in Unterordner

\include liest nicht nur eine Datei, sondern schreibt zusätzlich auch eine aux-Datei für jede der bei \include angegebenen Dateien. Wenn also \include{foo/bar} angegeben ist, wird nicht nur eine Datei foo/bar.tex gelesen, sondern auch eine Datei foo/bar.aux geschrieben. Ist nun ein Ausgabeverzeichnis output angegeben, so wird natürlich versucht output/foo/bar.aux zu schreiben. Da TeX selbst niemals Ordner erstellt, muss deshalb im Ordner output zuvor bereits der Unterordner foo erzeugt worden sein.

Bei Verwendung von lualatex kann man das per Lua sicherstellen. Wird wie im Beispiel pdflatex verwendet, muss man das Verzeichnis selbst oder per shell-escape erzeugen.

Den Verzeichnisteil des bei \include angegebenen Dateinames für die Erzeugung (und das Einlesen) der aux-Datei abzuschneiden ist in LaTeX nicht vorgesehen.

Für die Automatisierung im Editor bieten sich daher aus meiner Sicht neben der Voraberzeugung der benötigten Ordnerstruktur per Lua oder shell-escape vor allem zwei Möglichkeiten an:

1. Auf die Verwendung eines getrennten Ausgabeverzeichnisses verzichten. Ein solches Ausgabeverzeichnis bereitet häufiger Probleme als man denkt, so dass der Verzicht darauf oft die beste Wahl ist. Als Alternative bieten übrigens viele Editoren auch die Möglichkeit, Hilfsdateien zu löschen, um von Zeit zu Zeit (beispielsweise nach Fertigstellung eines Projekts oder vor dem Verpacken in eine ZIP-Datei) Ordnung im Dokumentverzeichnis zu schaffen.
2. \include durch \input ersetzen. Da \input keine zusätzliche aux-Datei benötigt, tritt dabei das Problem gar nicht erst auf. Dieser Weg ist immer dann möglich, wenn von \includeonly ohnehin kein Gebrauch gemacht wird. Da die meisten Anfänger den Unterschied zwischen \input und \include außerdem nicht kennen und bei \include immer wieder von Seiteneffekten (wie unerwünschten neuen Seiten oder verzögerter Wirkung von \addcontentsline in der Hauptdatei) überrascht werden, ist dies ohnehin oftmals eine gute Entscheidung.