Läßt sich chemfig-code aus externen Daten erstellen ?

Gibt es eigentlich die Möglichkeit chemfig-code automatisch beispielsweise aus Datenbankken von Molekülstrukuren zu erstellen ? Ich glaube so davon mal auf stackexchange o. ä. gelesen zu haben.

chemfig

gefragt 31 Okt '13, 20:28

butts
689●18●34●40
Akzeptiert-Rate: 40%

Vielleicht meinst Du mol2chemfig von Michael Palmer?

(31 Okt '13, 20:34) cgnieder

ja genau das meinte ich ! wie es aussieht brauche ich dazu aber python und dieses indigo toolkit. dann nützt es mir nichts.

ich habe python nicht und weiß nicht wie das zu installieren wäre... das in die richtigen verzeichnisse auf meinem rechner zu bekommen -ich denke das schaffe ich allein nicht. schade.

DANKE trotzdem !

(31 Okt '13, 21:18) butts

Die Doku sagt. »There are three ways to run mol2chemfig: 1. You can use the web interface. 2. You can install a web client version of mol2chemfig that is operated from the command line. 3. You can install the entire program locally. With options 1 and 2, everything you need can hopefully be installed via TeX Live by the time you read this. In contrast, with option 3, some additional handiwork is required.« Scheint mir so, als gäbe es Möglichkeiten, das Programm zu nutzen, ohne was zu installieren... (Ich hab's selbst nie verwendet...)

(31 Okt '13, 21:38) cgnieder

also ich habe es jetzt mal ausprobiert es geht tatsächlich ohne lokale installation!

im unteren fenster habe ich mal den von mol2chemfig generierten code für das molekül bradykinin gepostet. das von hand zu malen wäre eine schreckliche arbeit ...

(01 Nov '13, 22:24) butts

Eine Antwort:

active answers älteste Antworten neueste Antworten Beliebteste Antworten

Das folgende molfile habe ich auf http://chimpsky.uwaterloo.ca/mol2chemfig/webiface als Input verwendet:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
  Marvin  05271010542D
 76 80  0  0  1  0            999 V2000
    1.3623   -3.0962    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.5058   -6.8088    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.6478   -2.6837    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.0016   -6.5752    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.3624   -3.9212    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.7914   -6.3963    0.0000 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0768   -2.6836    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0768   -6.8088    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0768   -4.3337    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.7914   -5.5713    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0768   -5.1587    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.5058   -7.6338    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.9740   -7.5568    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.9740   -6.7318    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.2595   -7.9693    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.1733   -8.7898    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.3663   -8.9613    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.9538   -8.2469    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.6885   -7.9693    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.4422   -6.8088    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.4422   -7.6338    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.7277   -6.3963    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.6414   -5.5758    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.8345   -5.4043    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.4220   -6.1187    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.1566   -6.3963    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.5856   -6.3963    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.5856   -5.5713    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.8712   -6.8088    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    9.3001   -6.8088    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   10.0146   -5.5713    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    9.3001   -5.1588    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0
 
 
הההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההה
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Damit habe ich folgenden LaTeX-Code erhalten:

Code, hier editierbar zum Übersetzen:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
\documentclass{article}
\usepackage{mol2chemfig}        % this package loads chemfig and defines
\pagestyle{empty}               % a few auxiliary macros
\begin{document}
\chemname{\chemfig{
               HN% 3
     =[:330,,2]% 1
                  (
         -[:30,,,1]NH_2% 7
                  )
    -[:270,,,2]HN% 5
     -[:330,,2]% 9
        -[:270]% 11
        -[:330]% 10
        -[:270]% 6
                  (
        <[:210,,,2]H_2N% 8
                  )
        -[:330]% 2
                  (
     =[:25.2,0.664]O% 4
                  )
        -[:270]N% 12
       >:[:336]% 15
                  (
            -[:264]% 16
            -[:192]% 17
            -[:120]% 18
             -[:48]\phantom{N}% -> 12
                  )
         -[:30]% 13
                  (
            =[:330]O% 19
                  )
         -[:90]N% 14
         >[:24]% 22
                  (
 
 
הההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההההה
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Permanenter link

beantwortet 01 Nov '13, 22:26

butts
689●18●34●40
Akzeptiert-Rate: 40%

bearbeitet 01 Nov '13, 23:12

cgnieder
22.1k●25●34●63

Vielleicht könntest Du noch dazu posten, welchen Input Du verwendet hast, und was Du gemacht hast, um diesen Output zu erhalten?

(01 Nov '13, 22:47) cgnieder

ja natürlich. ich habe mir den molfile in das Fenster auf der seite

http://chimpsky.uwaterloo.ca/mol2chemfig/webiface

kopiert und dort ben button 'submit' betätitgt.

die dann erhaltene ausgabe habe ich dann wieder lokal in meine latex-oberfläche kopiert und dort compiliert.

(01 Nov '13, 23:05) butts

Deine Antwort

[Vorschau ausblenden]

Community Wiki:

Folgen dieser Frage

Per E-Mail:

Wenn sie sich anmelden, kommen Sie für alle Updates hier in Frage

Per RSS:

Antworten

Antworten und Kommentare

Frage-Themen:

chemfig ×41

gestellte Frage: 31 Okt '13, 20:28

Frage wurde gesehen: 8,428 Mal

zuletzt geändert: 01 Nov '13, 23:23

Läßt sich chemfig-code aus externen Daten erstellen ?

Folgen dieser Frage

verwandte Fragen