Das Paket pdfcprot ist veraltet und wird offenbar nicht mehr gepflegt. Bei der Umstellung von Paket ifpdf, ifluatex etc. auf das neue iftex wurden vom LaTeX-Team in iftex ohne Rücksicht auf diverse andere Pakete (darunter pdfcprot aber beispielsweise auch KOMA-Script) einige Befehle definiert, die eben in anderen Pakete mit anderer Syntax bereits vorhanden sind. Beispielsweise KOMA-Script trägt dem Rechnung, das nicht mehr gepflegte pdfcprot aber eben leider nicht. Das LaTeX-Team ist derzeit auch nicht gewillt, das pdfcprot-Problem selbst zu lösen, da es dieses Paket als insgesamt veraltet betrachtet. Stattdessen wird ein Wechsel zu microtype empfohlen. Dabei sind natürlich ggf. auch einige Befehle bzw. Einstellungen von pdfcprot entsprechend zu ersetzen.